의평원은 국민 의료복지의 증진과 국민 보건 향상의 이념을 바탕으로, 의료 관련 서비스의 질적 보장과 의료인력의 질 향상을 목적으로 하며, 이를 위해 의학교육과 관련된 연구, 개발, 평가를 추진하고, 의학교육 전반에 관한 통합적 기능을 수행함에 있어서 중립적이고 공정하게 시행하고자 한다.